Uma Secretaria indispensável é a de Saúde. Pois é ela que define junto ao conselho municipal de saúde as diretrizes do sistema municipal de saúde e elabora  o plano de saúde do Município em conjunto com as demais instituições de saúde. Ela tem como função manter ações básicas de assistência de saúde aos escolares da rede pública de ensino municipal e serviços de vigilância epidemiológica e colaborar na execução do programa nacional de imunização. É essa Secretaria que faz observar as normas vigentes do sistema nacional de informação de saúde, alimentando a central de informações da secretaria de estado da saúde com os dados estatísticos de acordo com o estabelecimento nas normas especiais e também faz observar as normas sanitárias sobre coleta de lixo, destino final dos dejetos, prédios destinados a habitação coletiva e individual, locais de reuniões publicas para lazer ou atividades e outras aprovadas para preservação da saúde.

A SEMUSA também presta colaboração, quando solicitado as autoridades estaduais competentes para o desenvolvimento de planos e programas governamentais de prevenção, tratamento e recuperação de alcoólatras dependentes de drogas e substancias entorpecentes ou que determine dependência química ou psíquica. E também faz adotar medidas técnicas indicadas para a preservação dos mananciais e das fontes de captação de água, bem como dos locais de distribuição das mesmas ao consumo publico.

A Secretaria Municipal de Saúde também deve prestar apoio ao prefeito municipal, ao secretario de estado da saúde e à coordenadoria regional de saúde, coordenar e supervisionar as atividades de todas as unidades técnicas executoras e especificas da secretaria, promover campanha de educação sanitária, fazer interditar os estabelecimentos comerciais e industriais cujas condições de higiene justifiquem a medida, acompanhar o atendimento médico-odontológico à população carente de recursos.

Em conjunto com a secretaria municipal de educação, cultura e esportes e secretaria municipal do bem estar social, a SEMUSA deve planejar, coordenar e executar programas de educação para saúde, a ser desenvolvidos junto às escolas do município. Também é a SEMUSA que orienta e fiscaliza a inspeção de saúde dos servidores municipais estaduais e federais à disposição do município e faz executar e apurar os programas de assistência a mulher e a criança em todas as unidades de saúde pertencentes à secretaria municipal de saúde.